上海儿童医学中心坐落于浦东东方路上，是一所集医疗、科研、教学于一体的儿科医院。上海儿童医学中心占地100亩，总建筑面积5万多平方米，核定病床358张，是上海市人民政府与世界健康基金会（ProjectHOPE）的合作建设项目。该院拥有一流的楼宇自动化设备和完备的医疗保障设施，担负着上海和全国各地患病儿童以及来华外籍人士子女的医疗工作。
上海儿童医学中心被列为上海市“九五”期间社会发展的标志性项目、上海市重大工程建设项目和上海市人民政府实事工程之一，也是世界健康基金会全球最大的合作项目，江泽民同志欣然挥笔提写了院名。1998年6月30日，美国总统夫人希拉里女士为医院开张剪彩。2006年，是上海儿童医学中心“十一.五”规划的开局年。良好的开端是成功的一半，上海儿童医学中心在过去的一年中，迈着矫健的步伐成功地走完了她第八个年头的路程，为今后的发展开阔了道路，夯实了根基。全院职工同心同德，恪尽职守，医院建设继续保持良好的经营业绩和发展势态，交出了社会效益和经济效益双丰收的满意答卷。2006年度，医院完成门急诊人数760342人次，比去年同比增加8.9%；出院总人数10970人次，比去年同比增加4.7%；住院手术总数6004人次，比去年同比增加11.3%；医院床位使用率110.77%，比去年提高3.5%；床位周转率38.63次/床/年，比去年同比提高1.73次/床/年；药占比继续控制在30%以下。领先学科亮点纷呈：心胸外科的手术例数达2033例，继续保持全球儿童医院之最；血液肿瘤科骨髓移植例数高达38例，取得了前所未有的新突破。5月，来自河南郑州的联体兄弟在该院成功接受了分离手术，从此踏上了“独立”人生，受到了全社会的广泛关注。6月，来自安徽的世界首例三臂男婴小杰杰在该院成功接受手术，告别了“第三条手臂”，引起全球关注。2006年医院的科研和教学工作取得了丰硕的成果。
上海儿童医学中心影像诊断中心朱铭主任主持的课题“儿童先天性心脏病影像诊断新技术应用研究”荣获上海市科技进步三等奖、上海市医学科技三等奖。医院获得国家自然科学基金项目7项，上海市科委项目3项，上海市教委项目2项，上海市卫生局项目5项，上海交通大学医学院基金项目7项。全院共计172篇学术和管理论文发表在国外和国家统计源性专业期刊上，其中SCI收录7篇。医疗卫生行业是社会主义精神文明建设的重要窗口，也是构建和谐社会一个重要组成部分。上海儿童医学中心在过去的一年中扎实推进精神文明和行风建设，努力为广大人民群众提供良好的医疗卫生服务。医院精神文明工作紧密结合卫生部“医院管理年”具体活动要求，切实转变工作作风和服务态度，在构建和谐医院进程中进一步创建良好的医患关系；重点做好治理医药购销领域商业贿赂工作，注重加强医务人员的职业道德教育；大力宣传先进人物的优秀事迹，发挥榜样示范作用，使该院的精神文明建设工作取得长足的进步。
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