清溪医院创建于1958年，是一所集医疗、保健、康复、教学科研为一体的三级管理中西医结合医院。承担着清溪镇50万人口的医疗卫生和应急救治的重任。国家级防治卒中中心（二级卒中中心）、国家级胸痛中心（标准版），广东省创伤中心（四级），广东省健康教育示范基地，广东省高等医学院校教学医院、广东省职业健康体检机构、赣南卫生健康职业学院教学医院等先后落户我院。2024年7月，增加“广东药科大学东莞清溪医院”作为医院的第二名称。
全院总占地2.59万平方米，建筑面积4.87万平方米。全院职工979人，其中，专业技术人员854人，高级职称183人。开放床位730张。按照镇委镇政府规划建设新总院区，新院一期编制床位数设定为970张，另预留二期床位400张。
清溪医院由一个总院区，大利院区、三中院区组成，共设临床医技科室34个，其中临床科室28个，医技科室6个，一级行政职能部门17个，党群组织10个。拥有3个东莞市重点专科（呼吸内科、中医经典病房、心血管内科）和6个东莞市特色专科（手外科、呼吸与危重症医学科、中医康复科、消化内科、中医护理学、重症医学科）。
医院设施设备齐全，配备了1.5T磁共振（MR）、数字减影血管造影（DSA）、体外肺膜氧合（ECMO）、64排128层螺旋CT机、方舱CT、DR、乳腺钼靶机、数字化口腔CT、全自动生化分析仪、彩色多普勒超声诊断仪、多功能心电监护仪、双能骨密度仪、麻醉呼吸机、心脏除颤起搏器等一大批进口设备以及胸腔镜、腹腔镜、电子胃镜肠镜、钬激光、纤支镜等微创医疗设备。
医院着重发展特色专科和新技术，相继开展了介入诊疗技术，包括心血管介入、神经血管介入、外周血管介入等；体外膜肺氧合（ECMO）高级生命支持技术、冠状血管内超声、心律失常射频消融术、血液净化血管通路、风湿免疫吸附等诊疗技术；微创治疗胆囊、胆总管、甲状腺、乳腺、泌尿系的相关疾病；常规开展妇科系统、消化系统、泌尿系统、呼吸系统等各类肿瘤根治术；开展椎间孔镜技术和关节镜技术、断肢（指）再植术、拇指再造术、高血压脑出血及各种颅脑损伤手术等；开展青光眼、白内障、眶内肿瘤、视网膜脱离、斜视等眼科手术；开展腺样体肥大、下鼻甲肥大低温等离子射频消融术，鼓膜修补术等耳鼻喉手术；开展中医微创、中医经典、中医正骨等中医特色康复理疗技术；开展水光针、光子嫩肤、激光微剥脱点阵技术等医学美容项目。
医院与深圳大学附属华南医院合作，成立中华内科学分会主委黄慈波教授内科疑难病／风湿病诊疗工作室；与广东省中医院建立协作医院，成立“经典中医传承工作室”，建设清溪镇首个中医经典病房。同时，引进中山大学附属第一医院张盛洪教授为带头人的消化内科专家团队、中山大学附属第六医院胃骆衍新教授为带头人的结直肠肛门外科专家团队；深圳大学附属华南医院徐讯迪教授为带头人的肝胆胰外科专家团队；中山大学附属第一医院刘军秀教授为带头人的妇科专家团队、中山大学附属第三医院任杰教授为带头人的甲状腺疾病超声介入治疗专家团队、中山大学附属第三医院关节外科李智勇教授为带头人的关节外科及脊柱微创外科专家团队；广州市妇女儿童医疗中心印根权团队等进省级团队等，外聘专家带动了科室多项新技术、新项目的开展，如炎症性肠病的生物制剂治疗、超低位直肠癌保肛术、直肠阴道瘘修补术、复杂胆道手术、微创肺楔形切除术、脊柱内镜及椎间孔镜手术、人工肩关节置换术、关节翻修手术、妇科恶性肿瘤手术及化疗、颌面外科手术等。此外，还带动了免疫吸附治疗、肌骨超声技术及双下肢动脉CTA扫描技术的开展，同时在风湿免疫疑难危重病例、中药治疗急危重症也起得较大的突破，让广大群众能够在家门口享受到优质医疗资源服务。
打造一批专科联盟，与南部战区总医院建设“军民共建”医院；呼吸与危重症医学科上与中山三院、下与镇社卫中心形成三级联盟；普外科、助孕门诊与中山三院联盟，功能科与广东省临床医学会华南超声医院专科联盟；注重科研和教学水平的提升，与中山大学附属第三医院合作开展医教研提升计划，实现同质化管理；与赣南卫生健康职业学院联合办学，探索“产教融合、校企合作”的新型人才培养模式；医疗服务体系持续改进，患者满意度不断提高，医院文化和精神文明建设硕果累累，社会影响力日益扩大。医院先后获评为东莞市文明标兵单位、东莞市文明单位、东莞市文化建设达标医院等殊荣；妇产科获评省巾帼文明岗；康复中医科获评省青年文明号；药剂科获评东莞市青年文明号殊荣。
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