巴彦淖尔市中医医院始建于1969年，前身为内蒙古生产建设兵团三师医院，是一所集医疗、预防、保健、急救、康复、科教于一体的国家级三级甲等中医综合医院。医院占地面积15921.36㎡，建筑面积24259.14㎡,编制床位500张。医院始终秉承“中西汇通，福泽民众”的办院宗旨，积极探索现代化地市级中医医院发展创新模式，中医药服务能力不断提升。
长期以来，医院坚持“质量立院，科教兴院，人才强院”的办院方针，以中医为主，突出中医特色优势，提升综合服务能力为发展方向，以“保障民众安康”为己任，始终遵循“育名医、建名科、创名院”的“三名”战略，积极实施品牌战略，着力打造专科、专病、专药等中医药服务品牌，彰显中医药特色和优势。
医院现建有一批中医特色鲜明、临床疗效显著的重点专(学)科，其中国家中医重点专科1个、国家中医重点专科培育项目1个、华北地区区域中医诊疗中心(血液病)培育单位1个、国家中医重点专科协作组成员1个、自治区医疗卫生重点学科3个、自治区中医临床重点专科3个、自治区中医特色优势重点专科5个、市级蒙医中医重点专科3个、市级中医重点专科4个。医院还设立“名医堂”、“名医传承工作室” 、“吴氏正骨”等工作室，加强名老中医学术思想和临床经验的传承、创新，强化中医内涵建设。医院目前拥有自治区名中医1人、自治区基层名中医1人、市级名中医2人、自治区中医师承导师8人。
医院坚持以病人为中心的服务理念，不断优化服务流程，努力为广大患者提供安全、高效、便捷的医疗服务，构建和谐的医患关系。2019年被评为内蒙古自治区改善医疗服务行动计划“预约诊疗制度、优质护理服务、和谐医患标杆单位”。
医院坚持公益属性，积极探索公立医院改革创新，推进区域性中医医联体建设，积极发挥三级中医医院龙头示范作用，与18所旗县蒙中医医院、乡镇卫生院组建巴彦淖尔市中医医院联盟，开展了包括人才培养、远程诊疗、医疗会诊及双向转诊等多种合作方式，带动基层中医药服务能力的提升。
医院坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，加强党的全面领导，深入贯彻落实健康中国战略，坚持新时期卫生与健康工作方针，坚持以人民健康为中心，坚持公立医院公益性，持续深化改革创新，努力形成维护公益性、调动积极性、保障可持续性的运行新机制，把医院办成群众满意、社会认可、政府放心、员工幸福的公立中医医院。
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