黄南州藏医院创建于1959年，其前身是同仁县藏医诊疗所，经过50多年的发展，现已成为集临床医疗、康复、教学、科研及藏药制剂为一体的二级甲等藏医院。医院占地面积7229㎡，业务用房面积6170.47㎡。医院内设藏医肝病专科（国家级）、藏医治未病中心（国家级）、藏医胃肠专科（省级）、藏医心血管专科（省级）等14个重点临床及职能科室。开设病床170张（核定床位300张），病床使用率达到了90%。2013年，根据新的医院等级达标分级管理的要求，经过专家严格评审，再次被评审为“二级甲等”藏医医院。1987年邀请了西藏藏医药学专家措如.才郎，在以我州藏医院为研究开发基地，首次在安多地区成功研制生产了“七十味珍珠丸”、“仁青璋皎”、“ 仁青芒皎”、 “仁青佐智达谢”等名贵藏药，这对安多藏区藏医药炮制加工发展历史谱写了辉煌的一页。
医院核定编制55人，在职52人，全院共有职工235人（临聘183人），其中卫生专业技术人员215人，占职工总数的91.5%，医疗设备方面配备双排螺旋CT、DR、彩超、电子腹腔镜（奥林巴斯）、体外碎石机、红外光妇科治疗仪、藏药熏蒸床等。近年来，通过多渠道争取建设项目，先后建立了国家级重点专科、修建了具有GPP标准的制剂车间,配备了先进的诊疗设备。现医院有藏药自制品种255种，其中129种已取得了省内制剂批号，通过藏医特色的医疗服务，为辖区26万人民群众治病防病发挥着不可替代的作用。
随着同仁地区城镇化发展和人民生活水平的不断提高，广大群众就医需求和标准也在不断提升，由于医院的主体建筑、业务用房等均建于上世纪80年代，建筑老化、规模小、床位少、设施陈旧、布局不合理、发展空间有限，已不能满足群众就医需求，也严重制约了医院的提档升级和进一步发展。为了切实改善医院的基础条件、提升服务能力，经州政府研究，同意对医院实施整体搬迁。目前已在同仁县年都乎乡征得60.5亩建设用地。项目规划总用地面积40288.89平方米，总建筑面积36832.3 平方米，建成后将是黄南地区最大的一所民族医院。
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