杭州市儿童医院是由杭州市政府全额投资新建的一所市属非营利性公立医院，经省卫生厅批准，按三级甲等儿童医院建设，目前核定编制560人，核定床位500张。 医院于2009年1月20日开张试运行；2012年7月市六医院整体搬迁，医院正式独立运行；2014年9月，医院综合大楼装修改造工程完工，病房床位增至500张；同年11月，病房、门急诊陆续迁入新综合大楼，一个崭新的、极富儿童特色的儿童医院已呈现在杭州百姓面前。
杭州市儿童医院的领头专家来自省儿保， 同时还会有国内知名的儿科专家加盟医院。如原浙江省儿童医院医生——汤文娟教授和洪校乐教授，都是小儿内科的老专家。汤文娟主任医师，擅长诊治儿科疑难杂症，尤其小儿消化、血液疾病。洪校乐主任医师，擅长中、西医诊治儿科疑难杂症。 其他医生主要是来自其他市级医院的儿科主任或副主任医师。 医院向上海复旦大学附属儿童医院、上海交大儿童医学中心、浙江省儿童医院等全国知名的儿童专科医院取经，为的是更好的为杭州老百姓服务 医院 除了充分利用原有六院资源外，还投入巨资购置设备，如B超、新生儿呼吸机、新生儿抢救台、新生儿暖箱、脑电图心电图仪器等。 医院开放市儿童医院整幢大楼，床位将达800张。
目前已开设普内科、普外科、感染科、新生儿科、眼科、儿童保健科、中医科、皮肤科、耳鼻喉科、口腔科等临床科室，日门诊量已达到1800余人次，目前开放病房床位220张，床位使用率超过100%。医院感染科现为杭州市医学重点学科，无论门诊还是住院规模、无论医疗技术还是服务品质均已达到国内领先水平，手足口病更是成为省内重症定点诊治医院。新生儿科、小儿外科为重点发展学科，硬件设施及人才建设都得到了较快的发展。同时，医院承担了省科技厅、省卫生厅、市科技局和市卫生局等多项课题，承接多家高等医学院校教学任务。 2014年11月，医院签约加入了北京儿童医院集团。集团以北京儿童医院为核心，与全国多家医院合作，打造兼具儿科临床医疗服务、儿科医学、护理教学、儿科临床研究和基础研究、儿童保健等多种功能的儿科医疗航空母舰。实现了集团内的专家、培训等资源共享，对于疑难疾病的诊治，可以邀请相应的专家来会诊，也可以到相应的医院就诊，或者进行远程会诊。
根据市委市政府和市卫生局的要求，市儿童医院将加快建设和发展速度，在医院西侧正在启动新建一幢儿童医疗综合楼，建筑面积6万平方米，设计床位500张，预计2015年底开工，建设周期3年。改造和新建工程结束后医院床位将达到1000张。通过引进先进的设计和管理理念，新建的杭州市儿童医院将会成为一所管理现代化、服务品质化，充分体现儿童特色的现代化医院。
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