菏泽市中医医院始建于1975年，1979年正式开诊，建院有近50年的历史，1996年12月被国家中医药管理局评为三级甲等中医院，2013年12月、2018年12月、2023年5月通过周期性三甲复审，集医疗、教学、科研、预防、康复、养老、急救功能于一体。是山东中医药大学、山东中医药高等专科学校等多家高等医学院校的教学医院，是国家中医住院医师规范化培训基地、山东省“西医学习中医”培训菏泽基地、中医类别国家医师资格实践技能考试基地，是第三批“山东省中医药文化宣传教育基地”。
2021年获批首批省级区域中医医疗中心建设单位，完成13项省区域中医医疗中心的建设任务，包括创建齐鲁中医药优势专科儿科集群牵头单位。2020年、2021年医院在三级公立中医医院绩效考核中，成绩评定为B级甲等。
医院占地面积3.5万平方米，建筑面积10.1万平方米，开放床位1000张。2022年托管运营山东省公共卫生中心菏泽分中心，占地面积158亩，建筑面积13万平方米，设置床位542张。现有职工1416人，其中，高级职称228人，博士、硕士研究生246人，医师443人。医院高度重视人才的引进和培养，有国家名老中医药专家学术经验继承工作指导老师3名，山东名老中医2人，山东名中医药专家14人，山东省中医临床优秀人才培养对象10人，山东省名中医传承工作室2个，全国名老中医药专家传承工作室1个。山东省五级中医药师承教育市级指导老师8名,山东中医药大学硕士研究生导师19名。齐鲁卫生与健康杰出青年人才4人，山东省中医临床优秀人才培养对象7人，山东省中医临床优秀人才后备培养对象3人，菏泽市名老中医、市名中医药专家、市中青年名中医药专家、市优秀中医药人才、市级专业技术拔尖人才共28名,市非物质文化遗产传承人1名，持惠才卡1人。医院科室设置齐全，设有临床科室42个，医技科室17个，国家级重点专科3个，省级重点专科10个，市级重点专科、学科21个，齐鲁中医药优势专科集群牵头专科1个、成员专科8个，国家药物/器械临床试验机构1个，医学生殖中心1个。
医院秉承“弘扬国粹 继承创新”的宗旨，充分发挥医院公益性，开展对口支援和精准帮扶工作，推广中医适宜技术，先后荣获“全省中医工作先进集体”、“山东省中医保健特色示范医院”、“全省惠民医疗先进单位”、“山东省药品不良反应监测工作先进集体”、“山东省文明单位”、“山东省敬老文明号”、“山东省2020年度优质服务单位”、“山东省五四红旗团组织”、“菏泽市抗击新冠肺炎疫情先进集体”等荣誉称号。
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